В XVIII веке на участке дома № 42 по Большой Морской улице располагалось два двора. В 1741 году здесь по просьбе купцов было выстроено здание для торговых лавок, взамен сгоревшего Мытного двора в 1736 году. Архитектором нового здания стал Джузеппе Трезини. Здание было выстроено перпендикулярно улице, длинным фасадом к Исаакиевской площади у Синего моста. Несколько позже между торговыми лавками и участком дома № 40 были выстроены трёхэтажные жилые флигели. В 1765–1770 годах с другой стороны лавок появились новые строения, этот участок был продан купцу Ф.В. Попову. Между двором Попова и торговыми лавками находился Выгрузной переулок.
С 1770х годов дом Попова принадлежал семье выходца из Греции Афанасия Гунаропуло. В 1806 году в доме Попова поселился Иван Андреевич Крылов. В начале 1820х годов здесь жил начинающий архитектор Андрей Иванович Штакеншнейдер. В 1838 году дом Гунаропуло был выкуплен в казну. В мае 1844 года был выкуплен и противоположный участок с торговыми лавками и жилыми корпусами. На этом месте в 1844–1853 годах был построен дом для Министерства государственных имуществ. Одновременно строилось здание на противоположной стороне площади (дом № 44) — для министра. Оба здания построены по проекту Н.Е. Ефимова.
В 1868 году в Лесном департаменте Министерства государственных имуществ служил Модест Петрович Мусоргский.
С 1922 года в доме № 42 размещался институт опытной агрономии. Сейчас здесь находится Всероссийский научно-исследовательский институт растениеводства имени академика Н.И. Вавилова. При институте находится коллекция семян и растений, насчитывающая 330 000 образцов. Здесь же находится Санкт-Петербургская научная сельскохозяйственная библиотека. Основана она была вместе с Министерством государственных имуществ, с того времени она выросла из восьми шкафов в более чем миллион единиц хранения. В этой библиотеке хранятся книги на 26 языках, среди них находятся издания XVI–XVIII веков.
17 декабря 2002 года по распоряжения правительству России, подписанному Михаилом Касьяновым, в ведение управления делами президента перешло несколько зданий близ Исаакиевской площади. Среди них оказалось и здание Министерства государственных имуществ. ВНИИ растениеводства оказался под угрозой выселения, несмотря на всю сложность перемещения уникальной коллекции растений, стоимость которой оценивается в 8 000 000 000 (триллионов) долларов.